Chaque individu possède un microbiote intestinal unique, car de nombreux facteurs influencent son développement et sa composition. A ce titre, la période de la petite enfance est clé. En effet, dès la naissance, des micro-organismes extérieurs envahissent le tube digestif suite aux premiers contacts de l’enfant avec son environnement (l’entourage, l’allaitement, l’alimentation, la respiration, etc.). L’enfant en bas âge présente ainsi dans ses premières années un microbiote intestinal de plus en plus diversifié et complexe qui se stabilise vers l’âge de 2 à 3 ans.
Ce processus de « colonisation » microbienne pourrait profondément influencer l’état de santé tout au long de la vie. De nombreuses recherches s’y intéressent pour déterminer ses implications dans certaines maladies : diarrhées, dermatites atopiques, allergies respiratoires…
La composition du microbiote intestinal de l’enfant joue un rôle essentiel dans le développement de son immunité.
Le microbiote intestinal du nouveau-né
Le microbiote intestinal commence à se développer dès la naissance par la respiration, le contact physique avec l’entourage, l’allaitement puis l’alimentation, etc. Des microbiotes maternels (vaginal, intestinal, cutané) aux micro-organismes de l’environnement, l’enfant compose progressivement un microbiote diversifié qui atteint sa forme adulte vers l’âge de 2 à 3 ans.
Jusqu’à cet âge, de nouvelles colonies de micro-organismes s’installent le long du tube digestif. La majorité de ces micro-organismes sont essentiels pour le transit et la digestion, mais aussi pour le bon fonctionnement du système immunitaire. Certains autres peuvent s’avérer nuisibles et participer à l’apparition de pathologies diverses comme le surpoids, les allergies, les maladies inflammatoires de l’intestin, etc.
Bien que le tube digestif soit généralement considéré comme étant stérile à la naissance, de récentes études scientifiques ont suggéré que le tube digestif de l’enfant serait colonisé par des micro-organismes présents dans l’environnement intra-utérin1,2. Ce phénomène est appelé « colonisation pré-natale ».
Les chiffres clés
3 phases d'évolution du microbiote: enfance, âge adulte, vieillissement
2 - 3 ans : première phase de maturité du microbiote intestinal humain
800 à 1000 espèces de bactéries composent le microbiote intestinal adulte

Quels sont les facteurs qui influencent le développement du microbiote intestinal ?
Le microbiote intestinal s’enrichit et se complexifie pour atteindre sa maturité à l’âge de 2-3 ans. Son développement est influencé par de nombreux facteurs 3 :
- La contamination intra-utérine interviendrait dès le stade prénatal : le microbiote intestinal du fœtus pourrait être influencé positivement par les micro-organismes qui évoluent dans l’environnement intra-utérin comme les bifidobactéries, les lactobacilles ou les entérocoques.
- La durée de la grossesse4 impacte le rythme d’implantation des micro-organismes dans le microbiote du nouveau-né. Ainsi, les bébés prématurés naissent avec un microbiote intestinal moins diversifié et un retard d’implantation de certaines espèces comme les anaérobies strictes.
- Le mode d’accouchement5 influencerait les conditions de colonisation du microbiote intestinal. Par voie basse (vaginale), les bactéries du genre Bifidobacterium seraient plus diversifiées dans le tractus digestif. Par césarienne, la diversité microbienne serait altérée avec notamment une quantité moindre de bactéries issues de la famille des Bacteroidetes. Des études ont mis en avant que cette altération pourrait avoir un effet sur le risque de développer des maladies ultérieurement comme l’asthme6.
- La composition du régime alimentaire7 aurait un impact sur le développement du microbiote intestinal. L’allaitement maternel module la composition du microbiote intestinal et augmente la présence des bifidobactéries et des lactobacilles chez le tout-petit, alors que le lait de formule infantile favorise une dominance d’Enterobacteriaceae. L’introduction d’aliments solides joue également un rôle significatif dans le développement du microbiote intestinal.
- L’environnement familial – par des facteurs multiples : géographiques, culturels – influence directement le développement du microbiote intestinal dans les premiers mois ou années de vie. Ainsi, l’analyse des microbiotes intestinaux des enfants du Burkina Faso a montré une prévalence de la famille des Bacteroidetes tandis que les microbiotes intestinaux des enfants italiens sont eux dominés par la famille des Firmicutes8.
- L’antibiothérapie altère nettement le microbiote intestinal et pourrait diminuer sa diversité microbienne9-10-11
- La consommation de probiotiques, pendant la grossesse (par la mère) mais aussi après la naissance (par le nourrisson), influencerait positivement le développement du microbiote intestinal.
Antibiotiques et surpoids : un duo à l'étude
La prise d’antibiotiques12,13 pendant l’enfance joue un rôle sur la composition du microbiote intestinal, notamment en réduisant sa diversité ! Résultats ? Des risques accrus de maladie de Crohn, maladie cœliaque, obésité, eczéma et asthme… De nombreuses études se sont d’ailleurs intéressées aux liens entre antibiothérapie et surpoids chez l’enfant. La prise d’antibiotiques dans les premières années de vie pourrait entraîner un surpoids, notamment chez les garçons. Une étude canadienne a ainsi observé un taux d’adiposité centrale plus important chez des pré-adolescents (9 – 12 ans) qui avaient été exposés aux antibiotiques avant leur premier anniversaire.

L'intérêt des probiotiques sur le microbiote intestinal de l’enfant
Chez l’enfant, de nombreuses études se sont penchées sur l’intérêt d’un apport en probiotiques dans l'accompagnement des coliques, diarrhées aiguës ou de la dermatite atopique.
- En cas de diarrhées aiguës : d’origine bactérienne ou virale, elles sont fréquentes dans les pays industrialisés (entre 1,3 et 2,3 épisodes par enfant).
- En cas de dermatite atopique
- En cas d'infections respiratoires
- En cas de MICI (maladies inflammatoires chroniques de l’intestin)
- En cas de coliques du nourrisson
Probiotiques et diarrhée
En France, les gastro-entérites aiguës virales sont fréquentes, en particulier chez les enfants séjournant en collectivité ! 90 % des enfants de moins de 2 ans auraient déjà connu au moins un épisode d’infection intestinale virale… Plusieurs souches probiotiques sont actuellement étudiées pour leur effet sur l’apparition de diarrhées20-21 .