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Historique : les premières études

L’étude de notre microbiote intestinal remonte au début du 20ème siècle. Alors que Pasteur s’est intéressé aux bactéries pathogènes, l’un de ses élèves, Elie Metchnikov, décide quelques années plus tard d’étudier les propriétés des bactéries présentes dans nos intestins. Il met ainsi en évidence les effets bénéfiques des ferments lactiques (apportés par les laits fermentés et les yaourts) sur cette flore et sur notre organisme en général.

Suite à ces travaux, il évoque l’idée que ces bactéries, loin d’être pathogènes, jouent sans doute un rôle essentiel à notre bien-être.

Petit à petit, les différentes études portant sur ces bactéries vont prouver qu’elles interviennent à divers niveaux sur notre organisme en particulier, l’assimilation de vitamines et nutriments mais aussi l’immunité. Dans les années 1990, la mise en évidence de notre « deuxième cerveau »1 au niveau intestinal va conforter l’hypothèse que cette flore intestinale joue un rôle bien plus important encore.

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L’année 2006, étape charnière

A partir de 2006, grâce aux progrès de la science et aux techniques de séquençage à haut débit, les scientifiques s’attellent à décoder le génome bactérien2 de notre microbiote intestinal. 
Ils découvrent et analysent alors les propriétés de nombreuses espèces bactériennes jusqu’alors inconnues car,pour la plupart d’entre elles, non cultivables in vitro.

Ce décodage apporte la preuve et l’explication scientifique des rôles déjà connus ou soupçonnés de la flore intestinale dans la digestion, les diverses fonctions métaboliques et les défenses immunitaires.
Mais pas seulement ! Il conduit aussi à deux autres grandes découvertes : non seulement chaque individu a un microbiote qui lui est propre, même s’il existe une certaine répartition constante des espèces bactériennes, sorte de socle commun que l’on retrouve chez tous les individus en bonne santé. Mais surtout, le microbiote de personnes malades est le plus souvent appauvri et faiblement diversifié !

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    C’est la porte ouverte à de nouvelles voies de recherches qui vont petit à petit montrer le rôle déterminant que peut jouer un tel déséquilibre du microbiote intestinal dans le développement de certaines pathologies : métaboliques, digestives, infectieuses, allergiques, neurologiques...
    Ce déséquilibre porte le nom de dysbiose.

    Sources :

    • Didier Chos (2018) Prenons le pouvoir sur notre santé Vers une médecine sur mesure. Editions Solar.
    • Gabriel Perlemuter, Anne-Marie Cassard (2016) Les bactéries, des amies qui vous veulent du bien. Editions Solar.
    • Rambaud JC, Buts JP, Corthier G, Flourié B (2004) Flore microbienne intestinale. Physiologie et pathologie digestives. Ed John LibbeyEurotext. 
    • Cherbuy et al. Le microbiote intestinal: une composante santé qui évolue avec l'âge. Innovations agronomiques, 2013 ; 33 37-46 (www6.inra.fr/ciag/content/download/5203/40683/file/Vol33-4-Cherbuy.pdf)
    1. deuxième cerveau : il existe dans la paroi intestinale tout un ensemble de fibres nerveuses, constituant le système nerveux entérique, en relation continuelle avec le système nerveux central : c’est ce que l’on nomme le « deuxième cerveau ».
    2. décoder le génome bactérien : l’étude de l’ensemble des génomes d’un  écosystème microbien donné porte le nom de « métagénomique ».