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État des lieux de la recherche et des connaissances

On sait aujourd’hui, grâce à des travaux chez l’animal mais aussi grâce à la comparaison du microbiote intestinal de personnes en bonne santé et de personnes malades, que nos bactéries intestinales jouent un rôle déterminant dans diverses fonctions physiologiques de notre organisme : digestive, métabolique, immunitaire et neurologique.

Petit tour d’horizon, des multiples effets bénéfiques de cet écosystème bactérien.

Digestion et synthèse de vitamines

Le microbiote intestinal joue un rôle direct dans la digestion en participant à la dégradation et à l’assimilation des différents composants de l’alimentation (glucides, lipides, protéines, fibres) grâce par exemple à des enzymes dont notre organisme est dépourvu. 
Des expériences sur l’animal ont montré que des souris axéniques, c'est-à-dire sans microbiote intestinal, ont des besoins énergétiques de 20 à 30 % supérieurs à ceux d’animaux normaux.

Le microbiote intestinal participe également à la synthèse de certaines vitamines du groupe B et de la vitamine K, et il intervient dans le métabolisme du calcium et du magnésium.

Physiologie et métabolisme intestinal

Les travaux réalisés sur les animaux axéniques ont permis de montrer que l’absence de microbiote intestinal modifie les caractéristiques et le fonctionnement des entérocytes, cellules de la muqueuse intestinale. Chez les animaux axéniques, les entérocytes se renouvellent moins vite, la couche de mucus protecteur qui les recouvre s’amincit, la vascularisation1 ainsi que le péristaltisme intestinal2 diminuent également.

Ces modifications sont à l’origine de répercussions métaboliques mais aussi infectieuses car le renouvellement rapide des entérocytes et le péristaltisme intestinal concourent à l’effet barrière de la muqueuse intestinale en empêchant les agents pathogènes de s’installer durablement.

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Développement et maturation du système immunitaire

Le microbiote intestinal joue un rôle essentiel dans le développement du système immunitaire intestinal et dans son fonctionnement. Les études montrent en effet que le système immunitaire de souris axéniques est immature et incomplet. Ces anomalies disparaissant après inoculation d’un microbiote de souris normales aux souris axéniques.

Protection contre des pathogènes

En plus de son rôle de maturation et de modulation du système immunitaire, le microbiote intestinal assure directement une protection vis-à-vis de microorganismes pathogènes. En effet, les bactéries naturellement présentes dans l’intestin (on parle aussi de flore résiliente ou commensale) sont capables de sécréter des substances antimicrobiennes contre d’autres microorganismes ou d’autres bactéries. Elles entrent aussi en compétition avec les bactéries pathogènes pour les nutriments et l’espace disponible et s’opposent donc à leur prolifération. 

Implication prouvée dans certaines pathologies

L’ensemble des études et travaux sur le microbiote prouvent son implication dans la survenue de plusieurs pathologies.

Un déséquilibre du microbiote portant sur certaines espèces bactériennes est décrit chez des personnes souffrant de maladies inflammatoires chroniques intestinales (MICI) ou de syndrome de l’intestin irritable (encore appelé syndrome du colon irritable).

Des perturbations du microbiote intestinal sont démontrées chez les personnes souffrant de diabète, d’obésité ou d’allergies mais aussi de certains cancers.

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Plus récemment, on a montré que des modifications du microbiote intestinal peuvent influer sur le système nerveux central et avoir un impact neurologique. En effet, il existe dans la paroi intestinale tout un ensemble de fibres nerveuses, constituant le système nerveux entérique, en relation continuelle avec le système nerveux central : c’est ce que l’on nomme le l’axe cerveau-intestin, l’intestin constituant ce que l’on appelle notre « deuxième cerveau ».

Plus récemment, on a montré que des modifications du microbiote intestinal peuvent influer sur le système nerveux central et avoir un impact neurologique. En effet, il existe dans la paroi intestinale tout un ensemble de fibres nerveuses, constituant le système nerveux entérique, en relation continuelle avec le système nerveux central : c’est ce que l’on nomme le l’axe cerveau-intestin, l’intestin constituant ce que l’on appelle notre « deuxième cerveau ».

Plusieurs études montrent qu’il existe des déséquilibres de la flore intestinale – on parle de dysbioses – au cours de certaines pathologies neurologiques, suggérant ainsi une implication du microbiote dans la survenue de ces maladies : autisme, schizophrénie, anxiété, dépression, troubles bipolaires mais aussi maladies neurodégénératives comme la maladie d’Alzheimer ou la maladie de Parkinson.

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1. vascularisation : vaisseaux sanguins qui permettent de « nourrir » les cellules constituant un tissu.
2. péristaltisme intestinale : contractions musculaires de l’intestin assurant notamment la progression de son contenu. On parle aussi de motricité digestive.

Sources :