Nous avons donc un microbiote sur la peau, un microbiote dans la bouche, et le microbiote le plus étudié : le microbiote intestinal que l’on appelait initialement la flore intestinale.
Ce microbiote intestinal est constitué de 100 000 milliards de bactéries mais également de virus, de champignons et de levures, c’est-à-dire dix fois plus que de cellules qui constituent le corps humain. Ces micro-organismes représentent plus d'1 kg de notre masse corporelle. Ils nous apportent des fonctions qui sont importantes pour notre santé et on peut donc considérer ce microbiote intestinal comme un organe supplémentaire de notre corps.
Lorsque l’on compare la composition du microbiote intestinal entre différents individus, on remarque que nous nous ressemblons tous
en termes de composition lorsqu’on regarde les grandes familles bactériennes mais lorsque l’on s’intéresse plus spécifiquement aux espèces présentes, nous sommes tous différents. Donc chaque individu héberge un microbiote qui lui est spécifique et le fait que nous ayons tous un microbiote différent pourrait expliquer pourquoi nous sommes plus ou moins sensibles au développement de certaines maladies ou pourquoi nous allons répondre différemment à un traitement nutritionnel ou médicamenteux par exemple.
Alors ce microbiote exerce un certain nombre de fonctions importantes pour notre physiologie. Donc par exemple, il nous aide à digérer un certain nombre d’aliments. Ce microbiote est nécessaire pour la maturation de notre système immunitaire.
Il nous protège également contre la colonisation par des bactéries pathogènes. Ou encore il synthétise des vitamines qui sont essentielles à notre nutrition. Alors ce microbiote exerce de nombreuses fonctions qui sont importantes pour notre santé et c’est pourquoi un déséquilibre de ce microbiote pourrait jouer un rôle dans le développement de certaines pathologies et de nombreuses études ont maintenant démontré
que le microbiote pourrait jouer un rôle dans le développement de maladies telles que les maladies inflammatoires de l’intestin, des allergies, l’obésité, le diabète, voire des pathologies psychiatriques.
